A Coordenadoria do Programa de Pós-Graduação Stricto sensu em Ciências Moleculares (CPPGCM) é constituída pelos professores vinculados ao programa e representantes estudantis. A CPPGCM é o órgão de competência normativa e deliberativa em matérias de natureza acadêmica e administrativa. Entre as atribuições da CPPGCM destaca-se:
1 - aprovar as solicitações de credenciamento/recredenciamento dos professores e pesquisadores orientadores ao programa, segundo norma aprovadas pelo colegiado de Pós Graduação do Programa em Ciências Moleculares;
2 - aprovar a indicação de professores do quadro docente do programa para comporem a comissão administrativa, de seleção, de bolsas e de avaliação de projetos;
3 - deliberar e aprovar alterações a serem introduzidas no regulamento especifico do programa, ou sobre casos omissos não tratados pelo mesmo;
4 - decidir sobre a prorrogação de prazos solicitada pelos docentes para os discentes;
5 - indicar os nomes do(a) Coordenador(a) e do(a) Vice-Coordenador(a) do programa;
6 - deliberar sobre a aplicação de recursos destinados ao programa pela Instituição ou por agências financiadoras externas;
7 - apreciar o relatório anual das atividades do programa;
8 - reexaminar em grau de recurso as decisões do (a) Coordenador (a);
9 - homologar o resultado do processo seletivo.
A CPPGCM reúne-se ordinariamente a cada seis meses, em local, data e hora previamente determinados pelo Coordenador e, extraordinariamente, se convocada pelo Coordenador ou mediante requerimento da maioria simples dos seus membros, sempre com a antecedência mínima de 48 horas.