A Coordenadoria do Programa de Pós-Graduação em Engenharia Agrícola é constituída pelos professores vinculados ao programa e representantes estudantis. A CPPGEA é o órgão de competência normativa e deliberativa em matérias de natureza acadêmica e administrativa. Entre as atribuições da CPPGEA destaca-se:
1. Aprovar as solicitações de enquadramento, credenciamento, recredenciamento e descredenciamento dos professores e pesquisadores orientadores do programa, segundo norma aprovadas pela mesma;
2. Aprovar a indicação de professores do quadro docente do programa para comporem as comissões administrativa, de seleção de bolsas e de avaliação de projetos de dissertação;
3. Deliberar sobre a inscrição de alunos especiais em disciplinas isoladas;
4. Decidir sobre a prorrogação de prazos solicitada pelos discentes;
5. Deliberar sobre a aplicação de recursos destinados ao programa pela Instituição ou por agências financiadoras externas;
6. Decidir sobre os pedidos de trancamento de matricula nos casos previstos segundo as normas em vigor.
A CPPGEA reúne-se ordinariamente a cada seis meses, em local, data e hora previamente determinados pelo Coordenador e, extraordinariamente, se convocada pelo Coordenador ou mediante requerimento da maioria simples dos seus membros, sempre com a antecedência mínima de 48 (quarenta e oito) horas.